菲律賓北部屬海洋性熱帶季風氣候，南部屬熱帶雨林氣候，全國各地普遍炎熱、潮濕，全年可分為三個季節，分別為3月至5月炎熱乾燥的熱季，6月至11月的雨季及12月至隔年2月的涼季。5月至10月間的西南季風稱之為Habagat，11月至4月乾燥的東北季風則被稱為Amihan。氣溫通常介於21℃至32℃間，但隨著不同季節而有些許差異，1月最涼爽，5月為最熱的月份。

海平面溫度約為27℃，熱季與涼季溫差僅為3℃，各月平均溫差則為3℃ – 12℃。全國平均溫度最高為33.2 – 39.9℃，最低為16.7 – 20.9℃，最高及最低氣溫的分布在全國無明顯差別。海拔高的地區則溫度略低，如海拔約1450米的碧瑤，平均溫度比馬尼拉低7.5℃ – 9.3℃左右。而菲律賓一些鄰近臺灣的地區，以巴丹群島為例：每逢冬季，如果中國大陸有較強的冷鋒南下，一般也會掠過，令巴丹群島甚至呂宋島佬沃，氣溫會降至攝氏20度以下。年降水量2500毫米左右。夏秋季多雨、多颱風。