• 舊金山國際機場（SFO）在城南21公里處，可以從市區搭灣區捷運和SAM TRANS 直達巴士前往，通行時間約30分鐘。
• 市區灰狗巴士站有直達車前往加州其他城市。

市內有數種公共運輸系統：

• 灣區捷運：簡稱BART，為連接舊金山和整個東灣地區主要交通工具，旅客可搭乘地鐵前往舊金山國際機場或是奧克蘭國際機場，灣區捷運和CALTRAIN連結整個灣區成為一個大眾運輸環繞系統。
• 加州鐵道（網站）：簡稱Caltrain，從舊金山AT&T棒球場為起點，經過舊金山國際機場、舊金山半島、南下至聖荷西，為南灣和半島的通勤人士前往舊金山主要交通工具。

• 舊金山城市鐵路（MUNI）: 是舊金山最主要, 也是全美第七大的大衆交通運輸系統
  • 路面纜車：為適應舊金山特有的山丘地形，而發展了獨特地底纜繩牽引式的纜車，俗稱「叮噹車」。舊金山纜車最早出現於1873年克雷街，後來逐漸成為20世紀初市區主要交通工具。1980年代因纜車行駛速度過慢，而且系統老舊又缺乏維修，市政府曾考慮要廢止纜車，後來保留了目前三條線路：東西向的加利福尼亞街線、南北向的跑華街-海德街線（Powell-Hyde）及跑華街-梅森街線（Powell-Mason）。纜車穿過主要旅遊地點，為舊金山最有名的特色之一。
  • 有軌電車：線路以英文字母命名。目前有F、J、K、L、M、N、T線。F線為世界各地收集而來的古老電車，經改裝後行使於卡斯楚區、市場街、經由碼頭港口後前往漁人碼頭，非常有特色。其他線路經過市區後前往城市的各社區。
  • 無軌電車及巴士：以數字排名。有些線路在早晚上下班時間加不同快班車「Express」或者短途車「Limited”。半夜（約1點到4點）有不同的晚班路線，成為貓頭鷹路線（Owl Service）。